花蓮港農學校於大正10年（1921），並附設於花蓮公學校（即今明禮國小），專門收原住民的學童，實施四年制。

昭和3年（1928）遷移至舊新港街，即今日的明義國小。昭和17年（1942）8月學校遷移至現址，更名為「花蓮港廳立農林學校」。

戰後中華民國政府來台以後更名為「臺灣省立花蓮農業職業學校」，於民國59年（1970）改名為「臺灣省立花蓮高級農業職業學校」，民國89年（2000）因精省改名為「國立花蓮高級農業職業學校」直到今日。